中华人民共和国成立的时候，人民解放战争后期作战还在继续。国民党尚有以白崇禧、胡宗南两股武装力量为主的100多万军队，占据着以广州为中心的华南地区、以重庆为中心的西南地区和一些沿海岛屿，负隅顽抗，妄图卷土重来。党和人民政府面临的一项紧迫任务，就是迅速肃清国民党反动军队的残余，解放一切尚未解放的国土，在全国建立起自上而下统一的人民政府，肃清土匪和一切反革命武装，巩固新生的人民政权。
1949年10月20日，中央人民政府人民革命军事委员会（简称中央军委）在北京举行第一次会议，讨论了人民解放军向待解放地区进军和今后的建军等问题。为了迅速彻底地歼灭国民党残余军队，不给敌人喘息和逃跑的机会，毛泽东明确提出人民解放军在消灭残敌的作战中，必须实行大迂回、大穿插、大包围的作战方针，即完全不理会敌人的防线而远远超过它，迂回并占领它的后方，迫其不得不与解放军作战，并一举歼灭它。这样的打法，可避免将敌驱向不利于行军作战的云贵高原、个别海岛或逃往境外。按照《共同纲领》规定的“将人民解放战争进行到底，解放中国全部领土，完成统一中国的事业”的任务，遵照中央军委的统一部署，人民解放军以磅礴的气势，向国民党在大陆的残余军事力量展开最后的围歼。在华中、华南战场，第四野战军（辖第二野战军第四兵团）分东、中、西三路挺进广东、湖南，于9月13日发起衡（阳）宝（庆）战役，消灭白崇禧集团近四个师的精锐部队，迫其由湘西退入广西，不得援粤。随即进行的广东战役，一举歼灭余汉谋集团大部。残存在广州的所谓国民政府匆忙迁往重庆。10月14日，华南最大的城市广州解放。11月6日，第四野战军发起广西战役，以大迂回大穿插的果敢动作，截断敌人西逃南撤之路，歼灭国民党军基干部队白崇禧集团，解放了广西全境。
在华东战场，第三野战军于9月19日发起漳厦战役，经激烈战斗，全面突破敌军防线，解放了厦门全岛及鼓浪屿，漳州、泉州等闽南地区随之全部解放。10月24日，三野第十兵团以部分兵力乘木船渡海进攻金门岛。由于对敌情、海情缺乏周密调查研究，船只准备不足，先头部队三个团渡海登岛后，因船只全部搁浅并被敌军炸毁而陷于孤立无援境地。登岛部队与大量增援的敌军顽强作战，终致失败。金门岛战斗失利，为人民解放军如何充分作好必要准备进行解放海南岛等渡海战役提供了重要鉴戒。
在西北战场，解放陕、甘、宁、青的战役在新中国成立前夕已告结束，新疆宣布和平解放。为接管新疆防务和改编起义部队，第一野战军第一兵团在西北各族人民和苏联方面的支援下，以空运、车运和徒步行军三种方式，穿越戈壁沙漠，行程1000多公里，于10月20日进驻新疆首府迪化（今乌鲁木齐），完成了挺进西北边陲的艰巨任务。
在西南战场，第二野战军于11月1日起进军大西南。在第四野战军和第一野战军各一部的南北协同下，二野部队先从湘西进占贵州，旋即直入川南，截断川敌逃往康、滇的退路；同时进击川东，向重庆合围。29日晚，亲临重庆督战的蒋介石偕其军政要员狼狈登上飞机逃往成都。30日，人民解放军渡过嘉陵江，解放了西南最大的中心城市重庆。在人民解放军的军事打击和政治瓦解工作的推动下，12月9日，国民党云南省政府主席卢汉，西康省政府主席刘文辉，西南军政长官公署副长官邓锡侯、潘文华分别在昆明、雅安等地起义。蒋介石见大势已去，于12月10日逃往台湾。二野部队和进入川北的一野部队从四面八方向成都合围，歼灭了国民党军在大陆的最后一支基干部队胡宗南集团。西南地区除西藏以外全部解放。进军大西南的胜利，标志着国民党反动集团在大陆统治的终结。
随着解放全国大陆的战斗基本结束，中央军委部署了解放海南岛和东南沿海诸岛屿的战役。第四野战军组织渡海作战兵团共十余万人集结雷州半岛，在搜集船只，培训水手，海上作战训练，海情、敌情调查及组织偷渡等方面作了充分准备之后，于1950年4月16日晚发起大规模渡海战役，千帆竞发强渡琼州海峡，同国民党海军在海上展开激战。在长期坚持海南岛武装斗争的中共领导的琼崖纵队的接应下，渡海部队顺利登陆，迅速突破敌军防线。5月1日，海南全岛解放。海南岛战役结束后，国民党急令浙江沿海舟山群岛的守军撤往台湾，人民解放军遂于5月16日在舟山本岛登陆并解放周围诸岛，打破了台湾国民党军队对长江口的封锁。从5月下旬到8月初，人民解放军以两个多月的作战，全部解放了位于广东珠江口外香港、澳门之间的万山群岛，拔除了国民党军队在华南沿海的最后立足点。
截至1950年10月，中国人民解放军经过一年的紧张艰苦作战，共歼灭大陆和海岛上残存的国民党正规军128万余人，收编改造了170余万起义投诚的国民党军官兵。从1946年7月到1950年6月，人民解放军歼灭国民党军队的总数达到807万人，解放了除西藏、台湾和少数几个海岛以外的全部中国领土。香港和澳门自古就是中国的领土，因属殖民主义侵略中国而造成的历史遗留问题，情况很复杂，需要采取另外的方式解决。中共中央确定了“暂时维持现状”和“长期打算，充分利用”的政策，其基本点在于利用两地尤其是香港原有的地位，发展海外关系和对外贸易，以利于新中国的经济恢复与工业化建设。
